Historia gdyńskie Arki sięga roku 1929, kiedy to grupa pracowników gdyńskiego portu powołała do żucia Klub Sportowy Gdynia. Dla ludzi związanych z ty klubem bardzo ważny jest również rok 1952, kiedy to po raz pierwszy w nazwie klubu pojawia się słowo „Arka”. Rok później Arka wywalcza historyczny awans do III ligi i nigdy później nie gra na niższym szczeblu rozgrywek. W 1960 Arka zdobywa premierowy awans do II ligi. Na ekstraklasę w Gdyni czekano aż to 1974 roku, kiedy to Arka awansowała prowadzona przez trenera Słaboszowskiego. Pierwszym trofeum zdobytym przez żółto-niebieskich jest Puchar Polski z 1979 roku. W 1982 roku arka opuściła ekstraklasę na…23 lata – powrót nastąpił w roku 2005. Ostatnim znaczącym wydarzeniem w historii klubu było otwarcie nowoczesnego stadionu, które miało miejsce w 2011 oku. Z mniej przyjemnych rzeczy można odnotować, że w 2007 roku Arka została zdegradowana, co było konsekwencją udziału w aferze korupcyjnej. Obecnie gdyński klub to zespół zaplecza ekstraklasy, ale z aspiracjami i przede wszystkim zapleczem godnym najwyższej klasy rozgrywkowej.
W Arce Gdynia grało wielu popularnych piłkarzy, ale tylko kilku wpisało się na karty historii klubu, jako legendy. Nazwisko Józefa Barbachena ludziom niezwiązanym z klubem mówi niewiele albo nawet nic. Karierę piłkarską rozpoczynał w Cracovii, której barw bronił w latach 1937-1939. Po II wojnie światowej osiadł w Gdyni. Do 1949 grał w zespole RKS MIR Gdynia, będącym poprzednikiem Arki, a w latach 1950-1955 już oficjalnie w Arce Gdynia. Razem z zespołem świętował pierwszy w historii awans do III ligi i zdobycie Pucharu Polski na szczeblu okręgowym Z piłką nożną pozostał związany również po zakończeniu aktywnej kariery zawodniczej. Sukcesy odnosił zwłaszcza, jako trener ekip młodzieżowych, doprowadzając juniorów Arki do brązowego (1956) i srebrnego (1959) medalu mistrzostw Polski w tej kategorii wiekowej. W 1963 został trenerem zespołu seniorskiego Arki, który w 1965 wprowadził do II ligi. Dużo popularniejszą postacią jest Janusz Kupcewicz, który karierę zaczynał w Warmii Olsztyn, skąd przeniósł się do Stomilu. W Ekstraklasie debiutował w zespole Arki Gdynia, potem występował w Lechu Poznań, a następnie we francuskim Saint-Étienne. Po grze we Francji wyjechał do greckiej Larisy. Następnie wrócił na jakiś czas do Polski do drużyny Lechii Gdańsk, by potem znów wyjechać zagranicę do Turcji, do Adanasporu. Tam zakończył karierę. W reprezentacji zadebiutował w 1976 roku. Na MŚ w 1978 roku był rezerwowym; występował natomiast na mistrzostwach w Hiszpanii. W sumie w kadrze rozegrał 19 meczów i strzelił 5 bramek. Zdobył Puchar Polski z Arką Gdynia i mistrzostwo kraju z Lechem Poznań. Legendą, którą można określić, jako najświeższą jest Dariusz Ulanowski piłkarz, grający na pozycji pomocnika, zawodnik Arki Gdynia. Przeszedł do niej z Pogoni Lębork. Jego debiut w I lidze (obecnie ekstraklasie) miał miejsce w dniu 15 października 2005 roku w zremisowanym 1:1 meczu pomiędzy Arką Gdynia a Amicą Wronki (obecnie KKS Lech Poznań), póki co nie strzelił żadnej bramki w najwyższej klasie rozgrywkowej. W klubie z Gdyni jest od lipca 1994 roku (jest najdłużej grającym w Arce zawodnikiem), w przeszłości był również kapitanem drużyny. W barwach Arki rozegrał 422meczów. Po sezonie 2009/2010 został asystentem Roberta Wilczyńskiego, który zajmuje się Juniorami Młodszymi w Arce Gdynia.
Z GieKSą Arka dotąd mierzyła się szesnaście razy. Pierwszy mecz miał miejsce tuż po utworzeniu GKS-u w roku 1964. GKS wygrał pewnie z klubem grającym pod nazwą MZKS 4:0. W latach kolejnych boje obu klubów były bardzo wyrównane a swoje miejsce miały głównie w latach 70-tych. Mecz GieKSy z Arką w sezonie 2007/08 był pierwszym od 23 lat! Przypomnijmy, że i wtedy górą byli Trójkolorowi. W ostatnim z dotychczas rozegranych pojedynków górą byli jednak Arkowcy. Spotkanie rozgrywane w Katowicach zakończyło się zwycięstwem gości 2:1. Arka prowadziła już po 24 minutach a gole strzelali kolejno Jarzębowski i Kubowicz. Tuż przed przerwą kontaktowego gola zdobył Duda, ale na więcej nie było stać GieKSiarzy. Przegrana bolała, szczególnie że od 55 minuty Arka grała w dziesiątkę. Mimo to bilans spotkań nadal jest po stronie GieKSy, która zwyciężała 5 razy, 4-krotknie lepszy był zespół z Pomorza, a 7 meczów kończyło się remisem. Bilans goli to 21 – 14 na korzyść Hanysów.
Ciekawostki:
Historyczny awans do II ligi w 1960 roku Arka zawdzięcza…rzutowi monetą. Oby już w środę GieKSa pokazałą Arce, że dla nich szczęście skończyło się dawno temu.